| MirGeneDB ID | Xla-Mir-7147-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-7147 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xla-Mir-7147-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cpi-Mir-7147 Dre-Mir-7147 Lch-Mir-7147 Loc-Mir-7147 Mal-Mir-7147 Tni-Mir-7147 Xtr-Mir-7147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030735.1: 119616897-119616955 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7147-P2) |
Mir-7147-P2
NC_030735.1: 119616897-119616955 [-]
UCSC
Ensembl
Novel-8 NC_030735.1: 119656848-119656905 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GUACCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGGAAUUUCUGUGUGGGAGCUGUCAGUGCUGUACCAUGCUGGUAACCAGUGUAAUGAAAGUUGCUCCUGGCCACCAGUGUUGUGCUACCCUGGCUGCUCAGUGUGUUUGUCUCUUAGUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGGGAAUUUCUGUGUGG--| U UGCU C AA UGUAAUGA GAGC GUCAG GUAC AUGCUGGU CCAG \ CUCG CGGUC CGUG UGUGACCA GGUC A UGAUUCUCUGUUUGUGUGA^ U CCAU U CC CUCGUUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Mir-7147-P2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUACCAUGCUGGUAACCAGUG -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Mir-7147-P2_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CUGGCCACCAGUGUUGUGCUAC -59
Get sequence
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