MirGeneDB ID | Xla-Mir-7147-P2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-7147 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-7147-P1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cpi-Mir-7147 Dre-Mir-7147 Lch-Mir-7147 Loc-Mir-7147 Mal-Mir-7147 Tni-Mir-7147 Xtr-Mir-7147 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Osteichthyes | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030735.1: 119616897-119616955 [-] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-7147-P2) |
Mir-7147-P2
NC_030735.1: 119616897-119616955 [-]
UCSC
Ensembl
Novel-8 NC_030735.1: 119656848-119656905 [+] UCSC Ensembl |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUACCAU | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGGAAUUUCUGUGUGGGAGCUGUCAGUGCUGUACCAUGCUGGUAACCAGUGUAAUGAAAGUUGCUCCUGGCCACCAGUGUUGUGCUACCCUGGCUGCUCAGUGUGUUUGUCUCUUAGUGet precursor sequence |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGGGAAUUUCUGUGUGG--| U UGCU C AA UGUAAUGA GAGC GUCAG GUAC AUGCUGGU CCAG \ CUCG CGGUC CGUG UGUGACCA GGUC A UGAUUCUCUGUUUGUGUGA^ U CCAU U CC CUCGUUGA 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Xla-Mir-7147-P2_5p |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUACCAUGCUGGUAACCAGUG -22
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Xla-Mir-7147-P2_3p* (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CUGGCCACCAGUGUUGUGCUAC -59
Get sequence
|