| MirGeneDB ID | Xla-Novel-8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | XLA-NOVEL-8 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030735.1: 119656848-119656905 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Novel-8) |
Mir-7147-P2
NC_030735.1: 119616897-119616955 [-]
UCSC
Ensembl
Novel-8 NC_030735.1: 119656848-119656905 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GAACACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGCAGGGAGAAAUGCUGGAUGUUACUGGGCAGAACACACUGCAGACUCAUAGUUUCAUUCAGCUCCAUGGUCUGUAUUGUGUCUCAGCCUGUAAAUCUAAGUCUGAUGUGUCAGGAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGCAGGGAGAAAUGCUG----| G U A - C U AGUUUCA GAU UUAC GGGC GA ACACA UGCAGAC CAU U CUA AAUG UCCG CU UGUGU AUGUCUG GUA U AAAGGACUGUGUAGUCUGAAU^ - - A C U - CCUCGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xla-Novel-8_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAACACACUGCAGACUCAUAG -22
Get sequence
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| Star sequence | Xla-Novel-8_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUGGUCUGUAUUGUGUCUCAGC -58
Get sequence
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