MirGeneDB ID | Xla-Mir-7147-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-7147 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African clawed frog (Xenopus laevis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xla-Mir-7147-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cpi-Mir-7147 Dre-Mir-7147 Lch-Mir-7147 Loc-Mir-7147 Mal-Mir-7147 Tni-Mir-7147 Xtr-Mir-7147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | X. laevis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Osteichthyes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001663975.1_XLA_v2) |
NC_030734.1: 144098931-144098989 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUACCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGGGAUUUCUAUGUGGGAGCUGUCAGUGCUGUACCAUGCUGGUAGCCAGUGUAAUGAAAGUUGCUCCUGGCAACCAGUGUUGUGCCUCCCUGGCUGCUCAGUGUGUAUUUCAUUUAGUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 AGGGGAUUUCUAUGUGG--| U UGCU C A UGUAAUGA GAGC GUCAG GUAC AUGCUGGU GCCAG \ CUCG CGGUC CGUG UGUGACCA CGGUC A UGAUUUACUUUAUGUGUGA^ U CCUC U A CUCGUUGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Xla-Mir-7147-P1_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGUACCAUGCUGGUAGCCAGUG -22
Get sequence
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Star sequence | Xla-Mir-7147-P1_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CUGGCAACCAGUGUUGUGCCUC -59
Get sequence
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