| MirGeneDB ID | Tni-Mir-455-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Pufferfish (Tetraodon nigroviridis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tni-mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tni-Mir-455-P1-v1 Tni-Mir-455-P2-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Dre-Mir-455-P1-v1 Gja-Mir-455 Gmo-Mir-455-P1-v1 Lch-Mir-455 Mal-Mir-455-P1-v1 Mun-Mir-455 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Spt-Mir-455 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Tetraodon_nigroviridis.TETRAODON8.dna.toplevel) |
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| Variant | Tni-Mir-455-P1-v2 |
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| Seed | CAGUCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 --| U A C GAA GUAUGUGCCC UGGACU CAU GUG G CAUAUACGGG ACCUGA GUA CAC C CA^ U C C GAC . 50 40 30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Tni-Mir-455-P1-v2_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003029 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUAUGUGCCCUUGGACUACAU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-455-P1-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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| Variant | Tni-Mir-455-P1-v1 |
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| Seed | AUGUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 --| U A C GAA UAUGUGCCC UGGACU CAU GUG G AUAUACGGG ACCUGA GUA CAC C AC^ U C C GAC 50 40 30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Tni-Mir-455-P1-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003029 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGUGCCCUUGGACUACAUCG -22
Get sequence
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| Star sequence | Tni-Mir-455-P1-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUGCAGUCCAUGGGCAUAUACA -58
Get sequence
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| Variant | Tni-Mir-455-P1-v3 |
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| Seed | GCAGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGAGAUCGUCAGAGAUCCCUGAUGUGAGGGUAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUUCCUCAAGGCAUGUUUCUUCAGCUCUGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CUGAGAUCGUCAGAGAU--| C UGU G U A CGUGGAA CC UGA GAG GUAUGUGCCC UGGACU CAU G GG ACU UUC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C CGUCUCGACUUCUUUGUAC^ A CCU A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Tni-Mir-455-P1-v3_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003029 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUAUGUGCCCUUGGACUACAUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Tni-Mir-455-P1-v3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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