MirGeneDB ID | Sto-Mir-204-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-204 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Sto-Mir-204-P1 Sto-Mir-204-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-204-P4 Cli-Mir-204-P4 Cmi-Mir-204-P4 Cpi-Mir-204-P4 Ebu-Mir-204 Gga-Mir-204-P4 Gja-Mir-204-P4 Lch-Mir-204-P4 Mun-Mir-204-P4 Pbv-Mir-204-P4 Pma-Mir-204 Spt-Mir-204-P4 Tgu-Mir-204-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01002899.1: 48427-48482 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UCCCUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGCUGUGUUUAAUUCUGUGGCCUGUGACCUUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCUGGUGUUUGAUGGGGCUGGGACGAUAAGGGGGUGUUCAUCUGUCAUUGCUCCAUCAUGUCCAUUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CAGCUGUGUUUAAUUCU--| CU CCU A U GGUGU GUGGC GUGA UCCCUUUGUC UCCUA GCCU \ UACUG UACU GGGGGAAUAG AGGGU CGGG U CUUACCUGUACUACCUCGU^ UC UGU C - GUAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Sto-Mir-204-P4_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UUCCCUUUGUCAUCCUAUGCCU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Sto-Mir-204-P4_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- GCUGGGACGAUAAGGGGGUGU -56
Get sequence
|