| MirGeneDB ID | Sko-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sko-mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dgr-Mir-9 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pfl-Mir-9-v1 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Skow_1.1) |
NW_003125887.1: 164505-164564 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-v1) |
Mir-9-v1
NW_003125887.1: 164505-164564 [-]
Mir-9-v2 NW_003125887.1: 164505-164564 [-] |
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| Variant | Sko-Mir-9-v1 |
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| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGAAUUCCGAAUUUUUGGCUCUCGUUUUCUCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGAGUGUACAUGACAUUAUAAAGCUAGGUUACCAAAGACAAAAACAGAUGCCAGUGAUCACCGAUGCCGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUGAAUUCCGAAUUUUU- -| C C- U G GUGUA GGC UCU GUUUU UCUUUGGU AUCUAGCU UAUGA C CCG AGA CAAAA AGAAACCA UGGAUCGA AUAUU A GGCCGUAGCCACUAGUGA U^ - AC U A ACAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sko-Mir-9-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Sko-Mir-9-v1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009618 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUAAAGCUAGGUUACCAAAGACA -60
Get sequence
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| Variant | Sko-Mir-9-v2 |
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| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUGAAUUCCGAAUUUUUGGCUCUCGUUUUCUCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGAGUGUACAUGACAUUAUAAAGCUAGGUUACCAAAGACAAAAACAGAUGCCAGUGAUCACCGAUGCCGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UUGAAUUCCGAAUUUUU- -| C C- U G AGUGUA GGC UCU GUUUU UCUUUGGU AUCUAGCU UAUG C CCG AGA CAAAA AGAAACCA UGGAUCGA AUAU A GGCCGUAGCCACUAGUGA U^ - AC U A UACAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sko-Mir-9-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0009610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUG -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Sko-Mir-9-v2_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0009618 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAAAGCUAGGUUACCAAAGACA -60
Get sequence
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