| MirGeneDB ID | Pfl-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-9 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Ptychodera (Ptychodera flava) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Agr-Mir-9 Bfl-Mir-9 Bko-Mir-9 Bla-Mir-9 Bpl-Mir-9 Cin-Mir-9 Cte-Mir-9 Dgr-Mir-9 Eba-Mir-9 Egr-Mir-9 Esc-Mir-9 Gsa-Mir-9 Gsp-Mir-9 Hmi-Mir-9 Hru-Mir-9 Isc-Mir-9 Lan-Mir-9 Lgi-Mir-9 Llo-Mir-9 Mom-Mir-9 Npo-Mir-9 Obi-Mir-9 Ofu-Mir-9 Ovu-Mir-9 Pau-Mir-9 Pdu-Mir-9 Pmi-Mir-9 Pve-Mir-9 Rph-Mir-9 Sko-Mir-9-v1 Sma-Mir-9 Snu-Mir-9 Spu-Mir-9 War-Mir-9 Xbo-Mir-9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Pfl) |
LD344854.1: 129993-130052 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-9-v1) |
Mir-9-v1
LD344854.1: 129993-130052 [+]
Mir-9-v2 LD344854.1: 129993-130052 [+] |
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| Variant | Pfl-Mir-9-v1 |
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| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUGCACCGACAAGUCUGGCGCUCGUUUUCUCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGAGUGUUCUAGACAUUAUAAAGCUAGGUUACCAAAGACAAAAACAGAUGCCGUAAUUCAACUGAACACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGUGCACCGACAAGUCU- -| C C- U G GUGUU GGCG CU GUUUU UCUUUGGU AUCUAGCU UAUGA C CCGU GA CAAAA AGAAACCA UGGAUCGA AUAUU U UCACAAGUCAACUUAAUG A^ - AC U A ACAGA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pfl-Mir-9-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA -23
Get sequence
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| Co-mature sequence | Pfl-Mir-9-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AUAAAGCUAGGUUACCAAAGACA -60
Get sequence
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| Variant | Pfl-Mir-9-v2 |
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| Seed | CUUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGUGCACCGACAAGUCUGGCGCUCGUUUUCUCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGAGUGUUCUAGACAUUAUAAAGCUAGGUUACCAAAGACAAAAACAGAUGCCGUAAUUCAACUGAACACUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGUGCACCGACAAGUCU- -| C C- U G AGUGUU GGCG CU GUUUU UCUUUGGU AUCUAGCU UAUG C CCGU GA CAAAA AGAAACCA UGGAUCGA AUAU U UCACAAGUCAACUUAAUG A^ - AC U A UACAGA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pfl-Mir-9-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUG -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Pfl-Mir-9-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UAAAGCUAGGUUACCAAAGACA -60
Get sequence
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