| MirGeneDB ID | Sko-Mir-4818-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-4818 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sko-mir-4818e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sko-Mir-4818-P1 Sko-Mir-4818-P2 Sko-Mir-4818-P3 Sko-Mir-4818-P4 Sko-Mir-4818-P6 Sko-Mir-4818-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Pfl-Mir-4818-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Skow_1.1) |
NW_003137342.1: 63417-63475 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4818-P5) |
Mir-4818-P6
NW_003137342.1: 63315-63374 [-]
Mir-4818-P5 NW_003137342.1: 63417-63475 [-] Mir-4818-P4 NW_003137342.1: 64360-64419 [-] Mir-4818-P3 NW_003137342.1: 64550-64608 [-] Mir-4818-P2 NW_003137342.1: 64676-64736 [-] Mir-4818-P1 NW_003137342.1: 65108-65168 [-] Mir-4818-P7 NW_003137342.1: 65488-65546 [-] |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUGUCUUGCUAUAUUCUAUGUUGACGGAACCUUUCUACUGUGUGCAAUUAGUGUUAGUUUCAUUCUCAUUGCACACAAUAGUGGGGCUUUAUUACAUAACCAUAUCAUCGCUUCAGUAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAUGUCUUGCUAUAUUC---| U CG A UU C U UGUUAG UAUGU GA GA CCU CUA UGUGUGCAAU AG \ AUACA UU UU GGG GAU ACACACGUUA UC U AUGACUUCGCUACUAUACCA^ - AU C GU A C UUACUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Sko-Mir-4818-P5_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0020014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUUUCUACUGUGUGCAAUUAG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Sko-Mir-4818-P5_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0020015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAUUGCACACAAUAGUGGGGCU -59
Get sequence
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