| MirGeneDB ID | Sko-Mir-4818-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-4818 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sko-mir-4818d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sko-Mir-4818-P1 Sko-Mir-4818-P3 Sko-Mir-4818-P4 Sko-Mir-4818-P5 Sko-Mir-4818-P6 Sko-Mir-4818-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Pfl-Mir-4818-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Skow_1.1) |
NW_003137342.1: 64676-64736 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4818-P2) |
Mir-4818-P6
NW_003137342.1: 63315-63374 [-]
Mir-4818-P5 NW_003137342.1: 63417-63475 [-] Mir-4818-P4 NW_003137342.1: 64360-64419 [-] Mir-4818-P3 NW_003137342.1: 64550-64608 [-] Mir-4818-P2 NW_003137342.1: 64676-64736 [-] Mir-4818-P1 NW_003137342.1: 65108-65168 [-] Mir-4818-P7 NW_003137342.1: 65488-65546 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUCUGUUCAGCAGCACUGUGUUGAGUGUAUCCUCUCUAUUGAGUACAACUGUGGAUAGAUCACAUCUCGCAUUGCACUCAAUAGUGGGGCUCCUUUCAGCACCUGAUAUCCUCAUCUAUGAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UUCUGUUCAGCAGCACU--| UGUAU U A C GAUAGA GUGUUGAG CCUC CUAUUGAGU CAA UGUG U CACGACUU GGGG GAUAACUCA GUU ACGC C AGUAUCUACUCCUAUAGUC^ UCCUC U C - UCUACA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sko-Mir-4818-P2_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUCUCUAUUGAGUACAACUGUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sko-Mir-4818-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0020013 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CAUUGCACUCAAUAGUGGGGCU -61
Get sequence
|
