| MirGeneDB ID | Sko-Mir-4818-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-4818 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Saccoglossus (Saccoglossus kowalevskii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | sko-mir-4818b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sko-Mir-4818-P1 Sko-Mir-4818-P2 Sko-Mir-4818-P3 Sko-Mir-4818-P5 Sko-Mir-4818-P6 Sko-Mir-4818-P7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Pfl-Mir-4818-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Enteropneusta | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Skow_1.1) |
NW_003137342.1: 64360-64419 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-4818-P4) |
Mir-4818-P6
NW_003137342.1: 63315-63374 [-]
Mir-4818-P5 NW_003137342.1: 63417-63475 [-] Mir-4818-P4 NW_003137342.1: 64360-64419 [-] Mir-4818-P3 NW_003137342.1: 64550-64608 [-] Mir-4818-P2 NW_003137342.1: 64676-64736 [-] Mir-4818-P1 NW_003137342.1: 65108-65168 [-] Mir-4818-P7 NW_003137342.1: 65488-65546 [-] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UUUCUUACUUCUGUGUUAAUACAUAUGCAGCCUCACUCUCAAGUGCAAGAGGAUUGAUCACUGAUGUCCAUUGCACUUAAUAGUGGGGCUUUGUGUGUAUUAUUGUCAACCUGUGAUUUCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUUCUUACUUCUGUGUU--| C CUC GA AUUGAUC AAUACAUAUG AGCCUCACU AAGUGCAA GG \ UUAUGUGUGU UCGGGGUGA UUCACGUU CC A CUUUAGUGUCCAACUGUUA^ U UAA A- UGUAGUC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Sko-Mir-4818-P4_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0020010 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CCUCACUCUCAAGUGCAAGAGG -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Sko-Mir-4818-P4_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0020011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- CAUUGCACUUAAUAGUGGGGCU -60
Get sequence
|
