| MirGeneDB ID | Sha-Mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-217 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sha-Mir-217-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bfl-Mir-217 Bla-Mir-217 Cmi-Mir-217 Gmo-Mir-217 Laf-Mir-217 Lch-Mir-217 Loc-Mir-217 Mal-Mir-217 Mdo-Mir-217 Mmr-Mir-217 Spt-Mir-217 Tni-Mir-217 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Chordata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (DEVIL_add) |
GL834734.1: 1028037-1028097 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-217-v2) |
Mir-216-P2a
GL834734.1: 1003794-1003855 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-216-P2b GL834734.1: 1019972-1020033 [+] UCSC Ensembl Mir-217-v2 GL834734.1: 1028037-1028097 [+] UCSC Ensembl Mir-217-v1 GL834734.1: 1028038-1028096 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Sha-Mir-217-v2 |
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| Seed | UACUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUAGUCAUUCCAGAGUUUUUGAUGUCGCAGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAUAAUAUUCAGGUACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAGCAUCAAAGCUAAAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUAGUCAUUCCAGAGUUUUU--| CGC A C C U AUAAUA GAUGU AG UA UGCAU AGGAACUGAU GG U CUACG UC GU ACGUA UCCUUGACUA CC U GAAAUCGAAACUACGAACAAAU^ ACU C U A - AUGGAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sha-Mir-217-v2_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUACUGCAUCAGGAACUGAUUGG -23
Get sequence
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| Star sequence | Sha-Mir-217-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- AUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCU -61
Get sequence
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| Variant | Sha-Mir-217-v1 |
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| Seed | ACUGCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAGUCAUUCCAGAGUUUUUGAUGUCGCAGAUACUGCAUCAGGAACUGAUUGGAUAAUAUUCAGGUACCAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCCUUCAGCAUCUAAACAAGCAUCAAAGCUAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UAGUCAUUCCAGAGUUUUU--| CGC A C C U AUAAUA GAUGU AG UA UGCAU AGGAACUGAU GG U CUACG UC GU ACGUA UCCUUGACUA CC U AAAUCGAAACUACGAACAAAU^ ACU C U A - AUGGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sha-Mir-217-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUGCAUCAGGAACUGAUUGGA -23
Get sequence
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| Star sequence | Sha-Mir-217-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CAUCAGUUCCUAAUGCAUUGCC -59
Get sequence
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