| MirGeneDB ID | Rph-Mir-92-o52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Japanese carpet shell (Ruditapes philippinarum) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Rph-Mir-92-o51 Rph-Mir-92-o53 Rph-Mir-92-o54 Rph-Mir-92-o55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Asu-Mir-92 Cel-Mir-92 Esc-Mir-92 Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Isc-Mir-92 Obi-Mir-92 Sme-Mir-92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | R. philippinarum | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Ruditapes_GCA_009026015) |
CM018539.1: 17477113-17477170 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-o52) |
Mir-92-o51
CM018539.1: 17459757-17459814 [+]
Ensembl
Mir-92-o52 CM018539.1: 17477113-17477170 [+] Ensembl Mir-92-o53 CM018539.1: 17477279-17477336 [+] Ensembl Mir-92-o54 CM018539.1: 17477769-17477831 [+] Ensembl Mir-92-o55 CM018539.1: 17478661-17478716 [+] Ensembl |
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| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAUGAGAGCUAAAUAUAGAUUUGUGUGGGAAGGCCGUGCCUUGUGCAACAUUUGUGUUUCAAAUCAAAUUGCACUUGUCCCGGCCUGCUUAUGCUGUCUGAAGCAACGUUUAAAAGAGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAUGAGAGCUAAAUAUA---| UU A UGCCUU AC UGUU GAU GUGUGGG AGGCCG GUGCA AUUUG U CUG CGUAUUC UCCGGC CACGU UAAAC C GAGAAAAUUUGCAACGAAGU^ U- G CCUGUU -- UAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-92 genes were present in the last common ancestor of bilaterians and how the vertebrate Mir-92s relate to the invertebrate Mir-92s and thus these multiple paralogues in invertebrates are classified here as orphans pending additional data. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Rph-Mir-92-o52_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGCCGUGCCUUGUGCAACAUUUG -24
Get sequence
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| Mature sequence | Rph-Mir-92-o52_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AAUUGCACUUGUCCCGGCCUGC -58
Get sequence
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