MirGeneDB ID | Pma-Mir-29-P2o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-29 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-29c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-29-P1o1 Pma-Mir-29-P1o2 Pma-Mir-29-P2o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Agr-Mir-29-P2 Asu-Mir-29-P2 Bfl-Mir-29-P2 Bla-Mir-29-P2 Cbr-Mir-29-P2 Cel-Mir-29-P2 Cte-Mir-29-P2 Dgr-Mir-29-P2 Dma-Mir-29-P2 Dpu-Mir-29-P2 Eba-Mir-29-P2 Esc-Mir-29-P2 Gsp-Mir-29 Hru-Mir-29-P2 Lgi-Mir-29-P2 Lhy-Mir-29-P2 Llo-Mir-29-P2 Mgi-Mir-29-P2 Mom-Mir-29-P2 Npo-Mir-29-P2 Obi-Mir-29-P2 Ofu-Mir-29-P2 Ovu-Mir-29-P2 Pau-Mir-29-P2 Pcr-Mir-29-P2 Pdu-Mir-29-P2 Pfl-Mir-29-P2 Pmi-Mir-29-P2 Pve-Mir-29-P2 Rph-Mir-29-P2 Sko-Mir-29-P2 Sme-Mir-29-o2 Spu-Mir-29-P2 War-Mir-29-P2 Xbo-Mir-29-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046082.1: 14313120-14313180 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-29-P2o2) |
Mir-29-P1o2
NC_046082.1: 14311950-14312009 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-29-P2o2 NC_046082.1: 14313120-14313180 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGCACCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGGCGUGGCGGGAGAGGAGCCUCCUACCAGGCUGGUUUCACGUGGUGGCUUGAUGUGAAAGUGCGAUUCUAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUUGGUGGGCAGAGCACGUGCGCCCACACCUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GGGCGUGGCGGGAGAGGAGC - -| C G U UGUGAA CU CCUACCAG GCUGGUUUCA GUGGUG CU GA A GA GGGUGGUU UGACUAAAGU UACCAC GA CU G GUCCACACCCGCGUGCACGA C G^ U - U UAGCGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Pma-Mir-29-P2o2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCUGGUUUCACGUGGUGGCUUGA -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Pma-Mir-29-P2o2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0019419 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UAGCACCAUUUGAAAUCAGUGU -61
Get sequence
|