| MirGeneDB ID | Pma-Mir-203-o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-203 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pma-Mir-203-o1 Pma-Mir-203-o2-v1 Pma-Mir-203-o3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Ebu-Mir-203-P3 Lch-Mir-203 Spt-Mir-203 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046121.1: 2196027-2196086 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-203-o3-v2) |
Mir-203-o3-v1
NC_046121.1: 2196027-2196086 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-203-o3-v2 NC_046121.1: 2196027-2196086 [-] UCSC Ensembl |
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| Variant | Pma-Mir-203-o3-v2 |
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| Seed | GAAAUGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGAGCUCGCCUCUGAUCGCCGGCAGGUUAAGUGGUUCUGAAUACUUCAACAGUUCUAAAGCGAAAUUGUGAAAUGUUCAGGACCACUUGACCUGGCGCGCGCAAUGACCUUCGAUUUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGGAGCUCGCCUCUGAU- -| G C A GUUCUAA CGC CG CAGGUUAAGUGGUUCUGAAUA UUCA CA \ GCG GC GUCCAGUUCACCAGGACUUGU AAGU GU A ACUUUAGCUUCCAGUAAC C^ G A - UAAAGCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pma-Mir-203-o3-v2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUGAAUACUUCAACA -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pma-Mir-203-o3-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UGAAAUGUUCAGGACCACUUG -60
Get sequence
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| Variant | Pma-Mir-203-o3-v1 |
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| Seed | UGAAAUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGAGCUCGCCUCUGAUCGCCGGCAGGUUAAGUGGUUCUGAAUACUUCAACAGUUCUAAAGCGAAAUUGUGAAAUGUUCAGGACCACUUGACCUGGCGCGCGCAAUGACCUUCGAUUUCAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AGGAGCUCGCCUCUGAU- -| G C A UUCUAA CGC CG CAGGUUAAGUGGUUCUGAAUA UUCA CAG \ GCG GC GUCCAGUUCACCAGGACUUGU AAGU GUU A ACUUUAGCUUCCAGUAAC C^ G A - AAAGCG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pma-Mir-203-o3-v1_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGUGGUUCUGAAUACUUCAACAG -23
Get sequence
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| Mature sequence | Pma-Mir-203-o3-v1_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- GUGAAAUGUUCAGGACCACUUG -60
Get sequence
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