| MirGeneDB ID | Pma-Mir-17-P3h | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pma-mir-17c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pma-Mir-17-P1g Pma-Mir-17-P2g Pma-Mir-17-P2h Pma-Mir-17-P3g Pma-Mir-17-P3h-v1 Pma-Mir-17-P4g Pma-Mir-17-P4h | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046132.1: 1979766-1979827 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P3h-v2) |
Mir-17-P2h
NC_046132.1: 1977198-1977260 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P3h-v1 NC_046132.1: 1979765-1979827 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P3h-v2 NC_046132.1: 1979766-1979827 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P1h NC_046132.1: 1980048-1980109 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4h NC_046132.1: 1982814-1982876 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2h NC_046132.1: 1985769-1985843 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1h NC_046132.1: 1986098-1986160 [+] UCSC Ensembl |
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| Variant | Pma-Mir-17-P3h-v2 |
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| Seed | AAGUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CGCCCUGUCCGUGAAUGAGCGCGCGGGGGAAAAGUGCAAAUAGUGGUAGGUAGUGAUCACUGCCGUCUGCCUACUCCAUUUGCAUUUUGGCCUCCAUGCGUCUCGCCGAGAGACGGAUGGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CGCCCUGUCCGUGAAUGA--- C A-| AGU AGUGAUCA GCGCG GGGGG AAAGUGCAAAU GGUAGGU \ UGCGU CCUCC UUUUACGUUUA UCAUCCG C UAGGUAGGCAGAGAGCCGCUC A GG^ CC- UCUGCCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pma-Mir-17-P3h-v2_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0019386 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAGUGCAAAUAGUGGUAGGU -21
Get sequence
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| Star sequence | Pma-Mir-17-P3h-v2_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CUACUCCAUUUGCAUUUUGGCC -62
Get sequence
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| Variant | Pma-Mir-17-P3h-v1 |
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| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGCCCUGUCCGUGAAUGAGCGCGCGGGGGAAAAGUGCAAAUAGUGGUAGGUAGUGAUCACUGCCGUCUGCCUACUCCAUUUGCAUUUUGGCCUCCAUGCGUCUCGCCGAGAGACGGAUGGAUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCGCCCUGUCCGUGAAU- - C A-| AGU AGUGAUCA GAG CGCG GGGGG AAAGUGCAAAU GGUAGGU \ CUC GCGU CCUCC UUUUACGUUUA UCAUCCG C UAGGUAGGCAGAGAGCCG U A GG^ CC- UCUGCCGU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pma-Mir-17-P3h-v1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0019386 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAAAGUGCAAAUAGUGGUAGGU -22
Get sequence
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| Star sequence | Pma-Mir-17-P3h-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- CUACUCCAUUUGCAUUUUGGCC -63
Get sequence
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