MirGeneDB ID | Pma-Mir-148-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-148 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-152b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-148-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cmi-Mir-148-P2 Dre-Mir-148-P2 Ebu-Mir-148 Gmo-Mir-148-P2 Loc-Mir-148-P2 Mal-Mir-148-P2 Tni-Mir-148-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046070.1: 1713926-1713984 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGUGCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGUACUACUAACACCAGGCUUUCGAGCCGAAGUUCUGUGGUACACUUGGGCUGUGCUGUCAAGGAAGUCAGUGCAAAACAGAACUUUGGUUGGAGAGCCGCGCUCGGUUAAUGCAUGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CAGUACUACUAACACCA--| G GGUA UG GUGCUG GGCUUUC AGCCGAAGUUCUGU CACU GGCU \ CCGAGAG UUGGUUUCAAGACA GUGA CUGA U AGUACGUAAUUGGCUCGCG^ G AAAC -- AGGAAC 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pma-Mir-148-o2_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAGUUCUGUGGUACACUUGGGCU -23
Get sequence
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Mature sequence | Pma-Mir-148-o2_3p |
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mirBase accession | MIMAT0019482 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- UCAGUGCAAAACAGAACUUUG -59
Get sequence
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