MirGeneDB ID | Pma-Mir-140-o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-140 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-140-o1 Pma-Mir-140-o2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ebu-Mir-140-P3-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
PIZI01000964.1: 4177-4240 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCACAGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGCUGCGUGGGUCAGUUUAUUGCUUGGUGCUGUGAGCUGCUGCGUGGUGAGUUUCUCGCUAGCCAAGCGCUACCACAGGGUAGAACCACGGACGGGUCGCGUGGAGGAGCCACGCGGAGCCGGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 AGGCUGCGUGGGUCAGUUUAU- --| G G AG- GC G UUUCUCGC UGC UU GU CUGUG CUGCU GUGGU AG U GCG GG CA GGCAC GAUGG CACCA UC A GGCCGAGGCGCACCGAGGAGGU CU^ G - CAA GA - GCGAACCG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Not in assembly but in trace archives. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pma-Mir-140-o3_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUGUGAGCUGCUGCGUGGUGAG -22
Get sequence
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Mature sequence | Pma-Mir-140-o3_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- ACCACAGGGUAGAACCACGGAC -64
Get sequence
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