| MirGeneDB ID | Pdu-Mir-2-o34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-2 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dumerils clam worm (Platynereis dumerilii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pdu-Mir-2-o25-v1 Pdu-Mir-2-o26 Pdu-Mir-2-o27 Pdu-Mir-2-o28 Pdu-Mir-2-o29 Pdu-Mir-2-o30 Pdu-Mir-2-o31 Pdu-Mir-2-o32 Pdu-Mir-2-o33 Pdu-Mir-2-o35 Pdu-Mir-2-P12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gsp-Mir-2 Ple-Mir-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. dumerilii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Protostomia | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_026936325.1_EMBL_pdum_1.0) |
JAPTHN010000003.1: 66419295-66419351 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-2-o34) |
Mir-2-o31
JAPTHN010000003.1: 66418562-66418621 [+]
Ensembl
Mir-2-o32 JAPTHN010000003.1: 66418751-66418810 [+] Ensembl Mir-2-o33 JAPTHN010000003.1: 66419072-66419128 [+] Ensembl Mir-2-o34 JAPTHN010000003.1: 66419295-66419351 [+] Ensembl Mir-2-o35 JAPTHN010000003.1: 66419578-66419640 [+] Ensembl |
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| Seed | AUCACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUAUUGUCUUUGUGUGUCACUUGUUUGGUGCGGUCAAAGUGGCUGAGAUAUGUUUUUGUGUUCGUAUCACAGCCCGCUUUGGUCAUAUCAAUGAGUUGUGUUGCCGCUGUAUGUUUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUAUUGUCUUUGUGUGUC---| UG U C GU - A UUUU ACU UU GGUG G CAAAGUGG CUG GAUAUG U UGA AA CUAU C GUUUCGCC GAC CUAUGC G UUUUGUAUGUCGCCGUUGUGU^ GU - A UG C A UUGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | It is not clear either from phylogenetic or syntenic information how many Mir-2 genes were present in the last common ancestor of protostomes and how the multiple paralogues in lophotrochozoans relate to the four Mir-2 genes in arthropods. Thus all lophotrochozoan genes aside from Mir-2-P12 are classified as orphans pending further data and analysis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pdu-Mir-2-o34_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGUCAAAGUGGCUGAGAUAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Pdu-Mir-2-o34_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- UAUCACAGCCCGCUUUGGUCAUA -57
Get sequence
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