MirGeneDB ID | Pab-Mir-877 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-877 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-877 Cfa-Mir-877 Cja-Mir-877 Ete-Mir-877 Hsa-Mir-877 Laf-Mir-877 Mml-Mir-877 Mmr-Mir-877 Mmu-Mir-877 Rno-Mir-877 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054684.2: 30638274-30638359 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAGAGGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAUGACACAGCUGCUGAGAGGCUAGAGAAGGUAGAGGAGAUGGCGCAGGGGACACGGGCAAAGACUCGGGGGUUCCUGGGACCCUCAGACAUGUGUCCUCUUCUCCCUCCUCCCAGGUGUAUGAGGAAUUGCGGGCCACUGGGGCGGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 70 GAUGACACAGCUGCUGAGAGGCUAGAGAA---| UA AU CGC CGGGCAAAGACUCGGGGGU GG GAGGAG GG AGGGGACA \ CC CUCCUC CC UCUCCUGU U GCGGGGUCACCGGGCGUUAAGGAGUAUGUGGA^ -- -- UCU GUACAGACUCCCAGGGUCC 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Mir-877 is a conserved mirtron cut at both ends by the spliceosome. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pab-Mir-877_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUAGAGGAGAUGGCGCAGGGGACA -24
Get sequence
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Star sequence | Pab-Mir-877_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
65- UCCUCUUCUCCCUCCUCCCAG -86
Get sequence
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