MirGeneDB ID | Pab-Mir-598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-598 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-598 Cpo-Mir-598 Ete-Mir-598 Hsa-Mir-598 Laf-Mir-598 Mml-Mir-598 Mmr-Mir-598 Mmu-Mir-598 Rno-Mir-598-P1 Rno-Mir-598-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054686.2: 11509596-11509654 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACGUCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGAUGGCUUGAUGAUGCUGCUGAUGCUGGCGGUGAUCCCGAUGGUGUGAGCUGGAAAUGGGGUGCUACGUCAUCGUUGUCAUCGUCAUCAUCAUCAUCCGAGCAGCCACCAGAUAGCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GAAGAUGGCUUGAUGAUGC--| C C CC GU G UGGAA UG UGAUG UGGCGGUGAU CGAUG GU AGC A AC ACUAC ACUGCUACUG GCUAC CA UCG U CGAUAGACCACCGACGAGCCU^ U U UU UG - UGGGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pab-Mir-598_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCGGUGAUCCCGAUGGUGUGAGC -23
Get sequence
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Mature sequence | Pab-Mir-598_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UACGUCAUCGUUGUCAUCGUCA -59
Get sequence
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