| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-598 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cja-Mir-598 Cpo-Mir-598 Ete-Mir-598 Hsa-Mir-598 Laf-Mir-598 Mml-Mir-598 Mmr-Mir-598 Pab-Mir-598 Rno-Mir-598-P1 Rno-Mir-598-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr14: 63727199-63727257 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACGUCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAGGAGAGCUCCAUGAUGCUGCUGAUGCUGGCGGUGAUGCCGAUGGUGCGAGCUGAAAAUGGGCUGCUACGUCAUCGUCGUCAUCGUUAUCAUCAUCAUCAGCACAGCCAUCAGAUCGCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GAGGAGAGCUCCAUGAU--|C C C C GU - UGAAA G UG UGAUG UGGCGGUGAUG CGAUG GCG AGC A C AC ACUAC AUUGCUACUGC GCUAC UGC UCG U CGCUAGACUACCGACACGA^U U U U -- A UCGGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-598_5p* |
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| mirBase accession | MIMAT0017283 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GCGGUGAUGCCGAUGGUGCGAGC -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-598-5p miRDB: MIMAT0017283 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-598_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0004942 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UACGUCAUCGUCGUCAUCGUUA -59
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004942 TargetScanVert: mmu-miR-598-3p miRDB: MIMAT0004942 |
