MirGeneDB ID | Mmu-Mir-598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-598 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACGUCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mmu-mir-598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cpo-Mir-598 Ete-Mir-598 Hsa-Mir-598 Mml-Mir-598 Rno-Mir-598-P1 Rno-Mir-598-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mm10) |
chr14: 63727199-63727257 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAGGAGAGCUCCAUGAUGCUGCUGAUGCUGGCGGUGAUGCCGAUGGUGCGAGCUGAAAAUGGGCUGCUACGUCAUCGUCGUCAUCGUUAUCAUCAUCAUCAGCACAGCCAUCAGAUCGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GAGGAGAGCUCCAUGAU--|C C C C GU - UGAAA G UG UGAUG UGGCGGUGAUG CGAUG GCG AGC A C AC ACUAC AUUGCUACUGC GCUAC UGC UCG U CGCUAGACUACCGACACGA^U U U U -- A UCGGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mmu-Mir-598_5p* |
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mirBase accession | MIMAT0017283 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCGGUGAUGCCGAUGGUGCGAGC -23
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mmu-miR-598-5p miRDB: MIMAT0017283 |
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Mature sequence | Mmu-Mir-598_3p |
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mirBase accession | MIMAT0004942 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UACGUCAUCGUCGUCAUCGUUA -59
Get sequence
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Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0004942 TargetScanVert: mmu-miR-598-3p miRDB: MIMAT0004942 |