MirGeneDB ID | Laf-Mir-598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-598 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-598 Cpo-Mir-598 Ete-Mir-598 Hsa-Mir-598 Mml-Mir-598 Mmr-Mir-598 Mmu-Mir-598 Pab-Mir-598 Rno-Mir-598-P1 Rno-Mir-598-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010049.1: 2491075-2491132 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACGUCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGAUGGUUUGAUGAUACUGCUGAUGCUGGCGGUGAUGCCGAUGGUGGGAGCUGGAAAUAGGUGCUACGUCAUCGUUGUCAUCGUCAUCAUCAUCAUCUGAGCAACCACCCUGUAGCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GAAGAUGGUUUGAUGAUAC--| C C GC GU GG UGGAA UG UGAUG UGGCGGUGAU CGAUG G AGC \ AC ACUAC ACUGCUACUG GCUAC C UCG A CGAUGUCCCACCAACGAGUCU^ U U UU UG A- UGGAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Laf-Mir-598_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCGGUGAUGCCGAUGGUGGGAGC -23
Get sequence
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Mature sequence | Laf-Mir-598_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- UACGUCAUCGUUGUCAUCGUCA -58
Get sequence
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