MirGeneDB ID | Cpo-Mir-598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-598 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cja-Mir-598 Ete-Mir-598 Hsa-Mir-598 Laf-Mir-598 Mml-Mir-598 Mmr-Mir-598 Mmu-Mir-598 Pab-Mir-598 Rno-Mir-598-P1 Rno-Mir-598-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_1: 65539782-65539840 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACGUCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGAUGGUUUGACGAUGCUGCUGAUGCUGGCGGUGACGCCGAUGGUGCGAGCUGGACAUGGGGUGCUACGUCAUCGUUGUCAUCGUCAUCAUCAUCAUCAGAGCAGCCACUGGACAGCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GAAGAUGGUUUGACGAU--|C C C C GU - UGGAC G UG UGAUG UGGCGGUGACG CGAUG GCG AGC A C AC ACUAC ACUGCUACUGU GCUAC UGC UCG U CGACAGGUCACCGACGAGA^U U U U -- A UGGGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cpo-Mir-598_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCGGUGACGCCGAUGGUGCGAGC -23
Get sequence
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Mature sequence | Cpo-Mir-598_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UACGUCAUCGUUGUCAUCGUCA -59
Get sequence
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