MirGeneDB ID | Cja-Mir-598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-598 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cpo-Mir-598 Ete-Mir-598 Hsa-Mir-598 Laf-Mir-598 Mml-Mir-598 Mmr-Mir-598 Mmu-Mir-598 Pab-Mir-598 Rno-Mir-598-P1 Rno-Mir-598-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021927.1: 7905371-7905429 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACGUCAU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GAAGAUGGCUUGAUGAUGCUGCUGAUGCUGGCGGUGAUGCCGAUGGUGUGAGCUGGAAAUGGGGUGCUACGUCAUCGUUGUCAUCGUCAUCAUCAUCAUCCGAGCAGCCACCAGAUAGCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GAAGAUGGCUUGAUGAUGC--| C C GC GU G UGGAA UG UGAUG UGGCGGUGAU CGAUG GU AGC A AC ACUAC ACUGCUACUG GCUAC CA UCG U CGAUAGACCACCGACGAGCCU^ U U UU UG - UGGGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cja-Mir-598_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GCGGUGAUGCCGAUGGUGUGAGC -23
Get sequence
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Mature sequence | Cja-Mir-598_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- UACGUCAUCGUUGUCAUCGUCA -59
Get sequence
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