MirGeneDB ID | Pab-Mir-574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-574 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-574 Cfa-Mir-574 Cja-Mir-574 Cpo-Mir-574 Dno-Mir-574 Eca-Mir-574 Ete-Mir-574 Hsa-Mir-574 Laf-Mir-574 Mml-Mir-574 Mmr-Mir-574 Mmu-Mir-574 Ocu-Mir-574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054682.2: 38218608-38218665 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACGCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCCGAGGGCCCUGCGUGGGUGCGGGCGUGUGAGUGUGUGUGUGUGAGUGUGUGUCGCUCUGGGUCCACGCUCAUGCACACACCCACACGCCCACACUCAGGGUCUGCCCCCUCGGCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GGCCGAGGGCCCUGCGU--| C AGU UGUCGC GGGUG GGGCGUGUG GUGUGUGUGUGAGUGUG U CUCAC CCCGCACAC CACACACGUACUCGCAC C CCGGCUCCCCCGUCUGGGA^ A C-- CUGGGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pab-Mir-574_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGUGUGUGUGUGUGAGUGUGUG -24
Get sequence
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Mature sequence | Pab-Mir-574_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CACGCUCAUGCACACACCCACA -58
Get sequence
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