MirGeneDB ID | Cja-Mir-574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-574 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-574 Cfa-Mir-574 Cpo-Mir-574 Dno-Mir-574 Eca-Mir-574 Ete-Mir-574 Hsa-Mir-574 Laf-Mir-574 Mml-Mir-574 Mmr-Mir-574 Mmu-Mir-574 Ocu-Mir-574 Pab-Mir-574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021917.1: 151103664-151103721 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAGUGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCCGAGGGCCCUGCGUGGGUGCGGGCGUGUGAGUGUGUGUGUGUGAGUGUGUGUCGCUCCGGGUCCACGCUCAUGCACACACCCACACGCCCGCACUCAGGGUCUGCCCCCUCGGCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GGCCGAGGGCCCUGCGU--| AGU UGUCGC GGGUGCGGGCGUGUG GUGUGUGUGUGAGUGUG U CUCACGCCCGCACAC CACACACGUACUCGCAC C CCGGCUCCCCCGUCUGGGA^ C-- CUGGGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cja-Mir-574_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGUGUGUGUGUGUGAGUGUGUG -24
Get sequence
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Star sequence | Cja-Mir-574_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CACGCUCAUGCACACACCCACA -58
Get sequence
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