MirGeneDB ID | Cfa-Mir-574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-574 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-574 Cja-Mir-574 Cpo-Mir-574 Dno-Mir-574 Eca-Mir-574 Ete-Mir-574 Hsa-Mir-574 Laf-Mir-574 Mml-Mir-574 Mmr-Mir-574 Mmu-Mir-574 Ocu-Mir-574 Pab-Mir-574 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr3: 73494062-73494119 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACGCUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGCCCAGGGCCCUGCGUGGGUGCGGGCGUGUGAGUGUGUGUGUGUGAGUGUGUGUCGCUCCGGGUCCACGCUCAUGCACACACCCACACGCCCGCGCUCGGGGUCUGCGCCCUCGGCCGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 GGCCCAGGGCCCUGCGU--| AGU UGUCGC GGGUGCGGGCGUGUG GUGUGUGUGUGAGUGUG U CUCGCGCCCGCACAC CACACACGUACUCGCAC C CCGGCUCCCGCGUCUGGGG^ C-- CUGGGC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-574_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGAGUGUGUGUGUGUGAGUGUGUG -24
Get sequence
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Mature sequence | Cfa-Mir-574_3p |
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mirBase accession | MIMAT0006673 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CACGCUCAUGCACACACCCACA -58
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-574 miRDB: MIMAT0006673 |