| MirGeneDB ID | Pab-Mir-421-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-421 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-421-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-421-P2 Cfa-Mir-421-P2 Cja-Mir-421-P2 Eca-Mir-421-P2 Hsa-Mir-421-P2 Laf-Mir-421-P2 Mml-Mir-421-P2 Mmu-Mir-421-P2 Ocu-Mir-421-P2 Rno-Mir-421-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054702.2: 79135293-79135349 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-421-P2) |
Mir-421-P2
CM054702.2: 79135293-79135349 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-374-P2 CM054702.2: 79135458-79135509 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UCAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGUGCCUAAUCCGGUGCACAUUGUAGGCCUCAUUAAAUGUUUGUUGAAUGAAAAAAUGAAUCAUCAACAGACAUUAAUUGGGCGCCUGCUCUGUGAUCUCCAUGGGCUCAGCUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCAGUGCCUAAUCCGGUG-- UU -| UUA A AAAA CACA GUAGGC CUCA AAUGUUUGUUGA UGA \ GUGU CGUCCG GGGU UUACAGACAACU ACU A GUUCGACUCGGGUACCUCUA CU C^ UAA - AAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pab-Mir-421-P2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCAUUAAAUGUUUGUUGAAUGA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Pab-Mir-421-P2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- AUCAACAGACAUUAAUUGGGCGC -57
Get sequence
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