| MirGeneDB ID | Laf-Mir-421-P2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-421 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-421-P2 Cfa-Mir-421-P2 Cja-Mir-421-P2 Eca-Mir-421-P2 Hsa-Mir-421-P2 Mml-Mir-421-P2 Mmu-Mir-421-P2 Ocu-Mir-421-P2 Pab-Mir-421-P2 Rno-Mir-421-P2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010051.1: 27592756-27592812 [+] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-421-P2) |
Mir-374-P2
GL010051.1: 27592597-27592648 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-421-P2 GL010051.1: 27592756-27592812 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | UCAACAG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCCAGUGCCUAACCAGUGCACAUUGUAGGCCUCAUUAAAUGUUUGUUGAAUGAAAAAAUGAAUCAUCAACAGACAUUAAUUGGGCGCCUGCUCUGUGAUCUCCAAGGGCUCAGCUUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 CCCAGUGCCUAACCAGUG-- UU -| UUA A AAAAA CACA GUAGGC CUCA AAUGUUUGUUGA UG \ GUGU CGUCCG GGGU UUACAGACAACU AC A GUUCGACUCGGGAACCUCUA CU C^ UAA - UAAGU 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-421-P2_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCAUUAAAUGUUUGUUGAAUG -22
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-421-P2_3p (predicted) |
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| mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- AUCAACAGACAUUAAUUGGGCGC -57
Get sequence
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