| MirGeneDB ID | Cja-Mir-421-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-421 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-421-P2 Cfa-Mir-421-P2 Eca-Mir-421-P2 Hsa-Mir-421-P2 Laf-Mir-421-P2 Mml-Mir-421-P2 Mmu-Mir-421-P2 Ocu-Mir-421-P2 Pab-Mir-421-P2 Rno-Mir-421-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021937.1: 68669315-68669370 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-421-P2) |
Mir-421-P2
CM021937.1: 68669315-68669370 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-374-P2 CM021937.1: 68669479-68669530 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | UCAACAG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCAGUGCCUAAUCCGGUGCACAUUGUAGGCCUCAUUAAAUGUUUGUUGAAUGAAAAAAUGAAUCAUCAACAGACAUUAAUUGGGCGCCUGCUCUGUGAUCUCCAUGGGCUCAGCUUGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCAGUGCCUAAUCCGGUG- UU -| UUA A AAAA CACA GUAGGC CUCA AAUGUUUGUUGA UGA \ GUGU CGUCCG GGGU UUACAGACAACU ACU A UUCGACUCGGGUACCUCUA CU C^ UAA - AAGU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cja-Mir-421-P2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CUCAUUAAAUGUUUGUUGAAUGA -23
Get sequence
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| Mature sequence | Cja-Mir-421-P2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
34- AUCAACAGACAUUAAUUGGGCG -56
Get sequence
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