MirGeneDB ID | Pab-Mir-374-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-374 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pab-Mir-374-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-374-P2 Cfa-Mir-374-P2 Cja-Mir-374-P2 Eca-Mir-374-P2 Hsa-Mir-374-P2 Laf-Mir-374-P2 Mml-Mir-374-P2 Mmu-Mir-374-P2 Ocu-Mir-374-P2 Rno-Mir-374-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054702.2: 79135458-79135509 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-374-P2) |
Mir-421-P2
CM054702.2: 79135293-79135349 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-374-P2 CM054702.2: 79135458-79135509 [-] UCSC Ensembl |
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Seed | UAUAAUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGCUCCUAUGAAGAAAUCCUACUCGGAUGGAUAUAAUACAACCUGCUAAGUGUCCUAGCACUUAGCAGGUUGUAUUAUCAUUGUCCGUGUCUAUGGCUCUCGUCUACCAGACGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UGCUCCUAUGAAGAAAUCCU--| U UG AU UC AC CGGA G AUAAUACAACCUGCUAAGUG C UG GCCU U UAUUAUGUUGGACGAUUCAC U CAGACCAUCUGCUCUCGGUAUC^ U GU AC GA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pab-Mir-374-P2_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUAUAAUACAACCUGCUAAGUG -22
Get sequence
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Star sequence | Pab-Mir-374-P2_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
30- CUUAGCAGGUUGUAUUAUCAUU -52
Get sequence
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