| MirGeneDB ID | Pab-Mir-376-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-376 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-376-P1 Pab-Mir-376-P3 Pab-Mir-376-P4 Pab-Mir-376-P5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-376-P2 Cfa-Mir-376-P2 Cja-Mir-376-P2 Cpo-Mir-376-P2 Dno-Mir-376-P2 Eca-Mir-376-P2 Ete-Mir-376-P2 Hsa-Mir-376-P2 Laf-Mir-376-P2 Mml-Mir-376-P2 Mmr-Mir-376-P2 Mmu-Mir-376-P2 Ocu-Mir-376-P2 Rno-Mir-376-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054694.2: 105471685-105471742 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-376-P2) |
Mir-154-P1
CM054694.2: 105453044-105453102 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P2-v2 CM054694.2: 105454312-105454369 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v1 CM054694.2: 105454313-105454368 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v1 CM054694.2: 105454769-105454823 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v2 CM054694.2: 105454770-105454822 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P4 CM054694.2: 105455995-105456051 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P5 CM054694.2: 105456559-105456614 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v1 CM054694.2: 105456721-105456776 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v2 CM054694.2: 105456721-105456776 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P7 CM054694.2: 105457010-105457067 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8a CM054694.2: 105457771-105457830 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8b CM054694.2: 105458088-105458147 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P9 CM054694.2: 105460648-105460703 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P10 CM054694.2: 105461069-105461125 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P11 CM054694.2: 105463007-105463064 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P12 CM054694.2: 105464778-105464835 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P1 CM054694.2: 105471348-105471405 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P2 CM054694.2: 105471685-105471742 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P3 CM054694.2: 105472074-105472131 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P14 CM054694.2: 105472227-105472282 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P4 CM054694.2: 105472453-105472510 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P5 CM054694.2: 105472781-105472838 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P16a CM054694.2: 105474982-105475041 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P16b CM054694.2: 105476203-105476262 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 CM054694.2: 105477924-105477986 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P18 CM054694.2: 105478464-105478521 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P19 CM054694.2: 105479320-105479383 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20 CM054694.2: 105479902-105479960 [+] UCSC Ensembl Mir-544 CM054694.2: 105480677-105480734 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P21 CM054694.2: 105481573-105481632 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P23 CM054694.2: 105484476-105484533 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P24 CM054694.2: 105486315-105486372 [+] UCSC Ensembl Mir-134 CM054694.2: 105486693-105486754 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P25 CM054694.2: 105487426-105487484 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6b CM054694.2: 105488232-105488288 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P26 CM054694.2: 105491784-105491841 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28 CM054694.2: 105492622-105492675 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P29 CM054694.2: 105494088-105494147 [+] UCSC Ensembl Mir-541 CM054694.2: 105496524-105496589 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P30 CM054694.2: 105497334-105497387 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P31 CM054694.2: 105497485-105497539 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P32 CM054694.2: 105497626-105497681 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P33 CM054694.2: 105497945-105498001 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P34 CM054694.2: 105498741-105498796 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAUAGA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AGGACUCAAUCCUUCUUUGGUAUUUAAAAGGUGGAUAUUCCUUCUAUGUUUAUGUUAUUUAUGGUUAAACAUAGAGGAAAUUCCACGUUUUCAGUAUCAAAUGCUGCUUGGAAACAUUGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AGGACUCAAUCCUUCUU--| U G UA U UGUUAU UGGUAUU AAAA GUGGA UUCCU CUAUGUUUA \ ACUAUGA UUUU CACCU AAGGA GAUACAAAU U UUACAAAGGUUCGUCGUAA^ C G UA - UGGUAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Pab-Mir-376-P2_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUGGAUAUUCCUUCUAUGUUUA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pab-Mir-376-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- AACAUAGAGGAAAUUCCACGU -58
Get sequence
|
