| MirGeneDB ID | Pab-Mir-154-P16b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-154 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-154-P1 Pab-Mir-154-P2-v1 Pab-Mir-154-P3-v1 Pab-Mir-154-P4 Pab-Mir-154-P5 Pab-Mir-154-P6a-v1 Pab-Mir-154-P6b Pab-Mir-154-P7 Pab-Mir-154-P8a Pab-Mir-154-P8b Pab-Mir-154-P9 Pab-Mir-154-P10 Pab-Mir-154-P11 Pab-Mir-154-P12 Pab-Mir-154-P14 Pab-Mir-154-P16a Pab-Mir-154-P17 Pab-Mir-154-P18 Pab-Mir-154-P19 Pab-Mir-154-P20 Pab-Mir-154-P21 Pab-Mir-154-P23 Pab-Mir-154-P24 Pab-Mir-154-P25 Pab-Mir-154-P26 Pab-Mir-154-P28 Pab-Mir-154-P29 Pab-Mir-154-P30 Pab-Mir-154-P31 Pab-Mir-154-P32 Pab-Mir-154-P33 Pab-Mir-154-P34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-154-P16 Cfa-Mir-154-P16 Cja-Mir-154-P16b Cpo-Mir-154-P16 Eca-Mir-154-P16 Ete-Mir-154-P16 Hsa-Mir-154-P16b Laf-Mir-154-P16 Mml-Mir-154-P16b Mmr-Mir-154-P16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Simiiformes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054694.2: 105476203-105476262 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-154-P16b) |
Mir-154-P1
CM054694.2: 105453044-105453102 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-154-P2-v2 CM054694.2: 105454312-105454369 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P2-v1 CM054694.2: 105454313-105454368 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v1 CM054694.2: 105454769-105454823 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P3-v2 CM054694.2: 105454770-105454822 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P4 CM054694.2: 105455995-105456051 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P5 CM054694.2: 105456559-105456614 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v1 CM054694.2: 105456721-105456776 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6a-v2 CM054694.2: 105456721-105456776 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P7 CM054694.2: 105457010-105457067 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8a CM054694.2: 105457771-105457830 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P8b CM054694.2: 105458088-105458147 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P9 CM054694.2: 105460648-105460703 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P10 CM054694.2: 105461069-105461125 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P11 CM054694.2: 105463007-105463064 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P12 CM054694.2: 105464778-105464835 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P1 CM054694.2: 105471348-105471405 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P2 CM054694.2: 105471685-105471742 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P3 CM054694.2: 105472074-105472131 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P14 CM054694.2: 105472227-105472282 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P4 CM054694.2: 105472453-105472510 [+] UCSC Ensembl Mir-376-P5 CM054694.2: 105472781-105472838 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P16a CM054694.2: 105474982-105475041 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P16b CM054694.2: 105476203-105476262 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P17 CM054694.2: 105477924-105477986 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P18 CM054694.2: 105478464-105478521 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P19 CM054694.2: 105479320-105479383 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P20 CM054694.2: 105479902-105479960 [+] UCSC Ensembl Mir-544 CM054694.2: 105480677-105480734 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P21 CM054694.2: 105481573-105481632 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P23 CM054694.2: 105484476-105484533 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P24 CM054694.2: 105486315-105486372 [+] UCSC Ensembl Mir-134 CM054694.2: 105486693-105486754 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P25 CM054694.2: 105487426-105487484 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P6b CM054694.2: 105488232-105488288 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P26 CM054694.2: 105491784-105491841 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P28 CM054694.2: 105492622-105492675 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P29 CM054694.2: 105494088-105494147 [+] UCSC Ensembl Mir-541 CM054694.2: 105496524-105496589 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P30 CM054694.2: 105497334-105497387 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P31 CM054694.2: 105497485-105497539 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P32 CM054694.2: 105497626-105497681 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P33 CM054694.2: 105497945-105498001 [+] UCSC Ensembl Mir-154-P34 CM054694.2: 105498741-105498796 [+] UCSC Ensembl |
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| Seed | GAGGAUA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUCUUUGAGCCACUCUUUGGUACUUAAAGAGAGGAUACCCUUUGUAUGUUCACUUGAUUAAUGGCGAAUAUACAGGGGGAGACUCUUAUUUGCGUAUCAAACUCUGUCGGGGAAGACACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCUCUUUGAGCCACUCU-- U -| GAUA ACUUGA UUGGUAC UAAA GAGAG CCCUUUGUAUGUUC U AACUAUG GUUU UUCUC GGGGGACAUAUAAG U CACAGAAGGGGCUGUCUCA C A^ AGA- CGGUAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Pab-Mir-154-P16b_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGAGGAUACCCUUUGUAUGUUC -22
Get sequence
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| Co-mature sequence | Pab-Mir-154-P16b_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AUAUACAGGGGGAGACUCUUAU -60
Get sequence
|
