MirGeneDB ID | Pab-Mir-3085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-3085 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-3085 Cfa-Mir-3085 Cja-Mir-3085 Cpo-Mir-3085 Dno-Mir-3085 Ete-Mir-3085 Hsa-Mir-3085 Laf-Mir-3085 Mml-Mir-3085 Mmr-Mir-3085 Mmu-Mir-3085 Ocu-Mir-3085 Rno-Mir-3085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054687.2: 104844927-104844987 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUGGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUCUACACGGUUGCCAACCCUACUCUGGGAAGGUGCCAUUCUGAGGGCCAGGAGUUUGAUUAUGUGUCACUCUGGCUGCUAUGGCCCCCUCCCAGGGUCUGGGCAUCACACCCAGACCAGUGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 60 AUCUACACGGUUGCCAA- U-| A U UCUGAG G UUGAUU CCC ACUCUGGGA GG GCCAU GGCCAG AGU \ GGG UGGGACCCU CC CGGUA UCGGUC UCA A UGACCAGACCCACACUAC UC^ C C UCG--- - CUGUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pab-Mir-3085_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGGUGCCAUUCUGAGGGCCAGGAGU -25
Get sequence
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Mature sequence | Pab-Mir-3085_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UCUGGCUGCUAUGGCCCCCUC -61
Get sequence
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