| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-3085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3085 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-3085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-3085 Cfa-Mir-3085 Cja-Mir-3085 Cpo-Mir-3085 Dno-Mir-3085 Ete-Mir-3085 Hsa-Mir-3085 Laf-Mir-3085 Mml-Mir-3085 Mmr-Mir-3085 Mmu-Mir-3085 Pab-Mir-3085 Rno-Mir-3085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chr18: 46016820-46016879 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUGGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CCGACAGAGCCAGGCCGCCCUGCCCUGGGAAGGUGCCAUUCCGAGGGCCAGGGUCUGAUUUUGUGUUGCUCUGGCUGCUAUGGCCCCUCCCAGGGCCUGGGCAUCACCCCCAGACAAGUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCGACAGAGCCAGGCCG-- U-| A U UCCGAG CUGAUU CCC GCCCUGGGA GG GCCAU GGCCAGGGU \ GGG CGGGACCCU CC CGGUA UCGGUCUCG U GUGAACAGACCCCCACUAC UC^ C - UCG--- UUGUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Ocu-Mir-3085_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0048609 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGUGCCAUUCCGAGGGCCAGGGU -24
Get sequence
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| Mature sequence | Ocu-Mir-3085_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0048610 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- UCUGGCUGCUAUGGCCCCUCC -60
Get sequence
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