| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-3085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-3085 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-3085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-3085 Cfa-Mir-3085 Cja-Mir-3085 Dno-Mir-3085 Ete-Mir-3085 Hsa-Mir-3085 Laf-Mir-3085 Mml-Mir-3085 Mmr-Mir-3085 Mmu-Mir-3085 Ocu-Mir-3085 Pab-Mir-3085 Rno-Mir-3085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_1: 31517489-31517549 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CUGGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AUGUACACAGCUUCCAGCCCUGCUCUGGGAAGGCGCCAUUCUGAGGGCCAGGAGUUUGAUUAUGAGUCACUCUGGCUGCUAUGGCCCCUCCCAGGGCCUGGGGAUCACACCCAGGCUUGUGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUGUACACAGCUUCCAG-- U-| A C UCUGAG G UUGAUU CCC GCUCUGGGA GG GCCAU GGCCAG AGU \ GGG CGGGACCCU CC CGGUA UCGGUC UCA A GUGUUCGGACCCACACUAG UC^ C - UCG--- - CUGAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpo-Mir-3085_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0047435 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGGCGCCAUUCUGAGGGCCAGGAGU -25
Get sequence
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| Mature sequence | Cpo-Mir-3085_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0047436 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- UCUGGCUGCUAUGGCCCCUCC -61
Get sequence
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