MirGeneDB ID | Ete-Mir-3085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-3085 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Lesser hedgehog tenrec (Echinops telfairi) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-3085 Cfa-Mir-3085 Cja-Mir-3085 Cpo-Mir-3085 Dno-Mir-3085 Hsa-Mir-3085 Laf-Mir-3085 Mml-Mir-3085 Mmr-Mir-3085 Mmu-Mir-3085 Ocu-Mir-3085 Pab-Mir-3085 Rno-Mir-3085 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (echTel2) |
JH980301: 30680803-30680863 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUGGCUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CAGCAGGCCGCUGCCAGCCCUGCUCAGGGAGGGUGCCAUUUCCAAAGCCAGGAGUUAGAUUAUGUGUCACUCUGGCUGUAUGGCCCCCCUCGCAGCGUCUGGGCAUCACCCCCAGACUAGCGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CAGCAGGCCGCUGCCAG- ---| CA A U UUCCAA G UAGAUU CCC UGCU GGG GGG GCCAU AGCCAG AGU \ GGG GCGA CUC CCC CGGUA UCGGUC UCA A CGAUCAGACCCCCACUAC UCU^ CG C - UG---- - CUGUGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Ete-Mir-3085_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GGGUGCCAUUUCCAAAGCCAGGAGU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Ete-Mir-3085_3p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- UCUGGCUGUAUGGCCCCCCUC -61
Get sequence
|