MirGeneDB ID | Obi-Mir-10-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-10 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | California two-spot octopus (Octopus bimaculoides) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Obi-Mir-10-P2 Obi-Mir-10-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Adi-Mir-10 Agr-Mir-10-P6 Asp-Mir-10 Cte-Mir-10-P6 Eba-Mir-10-P6 Efe-Mir-10-P6 Esc-Mir-10-P6 Hru-Mir-10-P6 Lgi-Mir-10-P6 Lhy-Mir-10-P6 Mgi-Mir-10-P6 Mom-Mir-10-P6 Npo-Mir-10-P6 Nve-Mir-10 Ofu-Mir-10-P6 Ovu-Mir-10-P6 Pve-Mir-10-P6 Rph-Mir-10-P6 War-Mir-10-P6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Neotrochozoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eumetazoa | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (PRJNA270931_OBI) |
KQ421072: 14768-14828 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUACCCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCUCACGCGGACAUAUGUUGAAGGAUUAACUUACCCUGUCAAUCGGAGAAGUUUAUAUUCAACUUUGCUUCUCGUUUCACAGGGUAUAUUCAUCUUUUGGCAAAAAACAGCAUAGUAUUGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 ACCUCACGCGGACAUAU--| UG U CU C UCG UUAUAU GU AAGGAU AA UACCCUGU AA GAGAAGU U CG UUUCUA UU AUGGGACA UU CUCUUCG C GUUAUGAUACGACAAAAAA^ GU C AU C UG- UUUCAA . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Obi-Mir-10-P6_5p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CUUACCCUGUCAAUCGGAGAAGU -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Obi-Mir-10-P6_3p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- UUCUCGUUUCACAGGGUAUAUU -61
Get sequence
|