| MirGeneDB ID | Oan-Mir-430-P58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-430 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-mir-1347 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Oan-Mir-430-P1 Oan-Mir-430-P2 Oan-Mir-430-P3 Oan-Mir-430-P4 Oan-Mir-430-P53 Oan-Mir-430-P54 Oan-Mir-430-P55 Oan-Mir-430-P56 Oan-Mir-430-P57 Oan-Mir-430-P59 Oan-Mir-430-P60 Oan-Mir-430-P61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | O. anatinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041737.1: 54190481-54190536 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-430-P58) |
Mir-430-P53
NC_041737.1: 54187151-54187209 [+]
Mir-430-P54 NC_041737.1: 54187300-54187360 [+] Mir-430-P55 NC_041737.1: 54187861-54187919 [+] Mir-430-P56 NC_041737.1: 54190035-54190095 [+] Mir-430-P57 NC_041737.1: 54190187-54190244 [+] Mir-430-P58 NC_041737.1: 54190481-54190536 [+] Mir-430-P60 NC_041737.1: 54191452-54191511 [+] Mir-430-P59 NC_041737.1: 54191591-54191649 [+] Mir-430-P61 NC_041737.1: 54191823-54191881 [+] |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUGGUGCUUUUCAUUGCUCAACCCUGUCUAUCUGGCCUGGGAGCACUCUUGAUUUAAAAAAAAAAAGUGCAACCAGAUUGGAUGAAGUUGGUUGGGACUUUGCUUCCAAGAUGGGGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCUGGUGCUUUUCAUUG-- CUG-| U UG C GA C GAUUU CUCAACC UC AUC G CUGG GCACU UU A GGGUUGG AG UAG U GACC CGUGA AA A GGGUAGAACCUUCGUUUCA UUGA^ - GU A AA A AAAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Oan-Mir-430-P58_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0006930 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUCUGGCCUGGGAGCACUCUU -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Oan-Mir-430-P58_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AAGUGCAACCAGAUUGGAUGA -56
Get sequence
|
