MirGeneDB ID | Oan-Mir-1416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1416 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | oan-mir-1416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-1416 Cli-Mir-1416 Cpi-Mir-1416 Gga-Mir-1416 Tgu-Mir-1416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041753.1: 57421839-57421895 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCUUAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
CUGGGCAAGUAACCAAUGGCUGUCACUCUUUCCUUAACUCAUGCCGCUGUGCAUUCUCUUCUUUCGCAACAGGGUGGGUUGAGUACAAAGUGCCGGUCUAAUCCAGCUAAUUCUUGAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 CUGGGCAAGUAACCAAU--| U CUUUC AU G - AUUCUC GGCUG CACU CUUAACUC GCC CUGU GC \ CUGGC GUGA GAGUUGGG UGG GACA CG U AGUUCUUAAUCGACCUAAU^ C AACAU -- - A CUUUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Oan-Mir-1416_5p |
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mirBase accession | MIMAT0007271 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCCUUAACUCAUGCCGCUGUGC -22
Get sequence
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Star sequence | Oan-Mir-1416_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AACAGGGUGGGUUGAGUACA -57
Get sequence
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