MirGeneDB ID | Cpi-Mir-1416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1416 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpi-mir-1416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-1416 Cli-Mir-1416 Gga-Mir-1416 Oan-Mir-1416 Tgu-Mir-1416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (chrPic1) |
JH584686: 9325225-9325285 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CCUUAAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
ACCAGGAAAUUAAAAGUGAUGGAUGACACCUCCUUAACUCAUGCCGCUGUGCCUUUCACCCCCACUCCCACAAUUGUAUGAGUUGAGUACAGAGUAUCAGACUAACACUGCUUGGCCCCCAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 ACCAGGAAAUUAAAAGUGAU A- C - C--| CGC CCUUUCAC GG UGA AC CU CUUAACUCAUGC UGUG \ UC ACU UG GA GAGUUGAGUAUG ACAC C ACCCCCGGUUCGUCACAA-- AG A A CAU^ UUA CCUCACCC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpi-Mir-1416_5p (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0037916 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCCUUAACUCAUGCCGCUGUGC -22
Get sequence
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Star sequence | Cpi-Mir-1416_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
39- ACAAUUGUAUGAGUUGAGUACA -61
Get sequence
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