MirGeneDB ID | Neu-Mir-1397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1397 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tammar Wallaby (Notamacropus eugenii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-1397 Ami-Mir-1397 Cpi-Mir-1397 Gga-Mir-1397 Gja-Mir-1397 Oan-Mir-1397 Pbv-Mir-1397 Sha-Mir-1397 Spt-Mir-1397 Tgu-Mir-1397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028372415.1_mMacEug1.pri) |
CM051817.1: 388872773-388872830 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAUUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAAGUCACCGACACAUUGCGGUGUGUGCAUUGCAUUGCGACGGGUUACAUCACUGAAUUUAGCAUGAUGUAACCCAACGCAGCAUGAUGUAAGCAUUGUCAUACGUUGGAGGCUUAAAGet precursor sequence |
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Structure | 10 20 30 40 50 UAAGUCACCGACACAUU--| G CA AC CUGAA GCGGUGU UGCAUUG UUGCG GGGUUACAUCA U UGUUACG AUGUAGU GACGC CCCAAUGUAGU U AAAUUCGGAGGUUGCAUAC^ A AC AA ACGAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Neu-Mir-1397_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCAUUGCGACGGGUUACAUCA -22
Get sequence
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Star sequence | Neu-Mir-1397_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AUGUAACCCAACGCAGCAUGAU -58
Get sequence
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