| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-1397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1397 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-1397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-1397 Ami-Mir-1397 Gga-Mir-1397 Gja-Mir-1397 Neu-Mir-1397 Oan-Mir-1397 Pbv-Mir-1397 Sha-Mir-1397 Spt-Mir-1397 Tgu-Mir-1397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584466: 11772073-11772130 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GCAUUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
AAAGUCACUGAGAAAGUGCGAUGUGUGCAUUGCAUUGCGACGGGUUACAUCACUGGUCGUAACAUGAUGUAACCCAACGCAGCAUGAUGUAAGCGUCGUGAUACAUUGGAGAUUUAAAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 AAAGUCACUGAGAAAGU--| G CA AC CUGGU GCGAUGU UGCAUUG UUGCG GGGUUACAUCA C UGCUGCG AUGUAGU GACGC CCCAAUGUAGU G AAAUUUAGAGGUUACAUAG^ A AC AA ACAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpi-Mir-1397_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0037915 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCAUUGCGACGGGUUACAUCA -22
Get sequence
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| Star sequence | Cpi-Mir-1397_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- UGUAACCCAACGCAGCAUGAU -58
Get sequence
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