MirGeneDB ID | Gja-Mir-1397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-1397 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-1397 Ami-Mir-1397 Cpi-Mir-1397 Gga-Mir-1397 Neu-Mir-1397 Oan-Mir-1397 Pbv-Mir-1397 Sha-Mir-1397 Spt-Mir-1397 Tgu-Mir-1397 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Amniota | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015174328.1: 240982-241039 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GCAUUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UAAUUCACUGACAACCUGCGAUGUGUGCAUUGCAUUGCGAUGGGUUACAUCACUGGUCAUAACAUGAUGUAACCCAACGCAGCAUGAUGUAAAUGUCGUGAUACAUUGGAGAUUUUAAGet precursor sequence |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UAAUUCACUGACAACCU--| G CA A CUGGU GCGAUGU UGCAUUG UUGCG UGGGUUACAUCA C UGCUGUA AUGUAGU GACGC ACCCAAUGUAGU A AAUUUUAGAGGUUACAUAG^ A AC A ACAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Gja-Mir-1397_5p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGCAUUGCGAUGGGUUACAUCA -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Gja-Mir-1397_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- AUGUAACCCAACGCAGCAUGAU -58
Get sequence
|