| MirGeneDB ID | Mmu-Mir-484 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-484 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | House mouse (Mus musculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mmu-mir-484 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-484 Cfa-Mir-484 Cja-Mir-484 Dno-Mir-484 Eca-Mir-484 Hsa-Mir-484 Laf-Mir-484 Mml-Mir-484 Mmr-Mir-484-P1 Mmr-Mir-484-P2 Ocu-Mir-484 Pab-Mir-484 Rno-Mir-484 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mm10) |
chr16: 14159595-14159651 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGGCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GUAUUUCUCCGCGCAGGGCACGCUGGGAAGUGGGGGGGGCGGGGCCUCGCGGCCCUGCAGCCUCGUCAGGCUCAGUCCCCUCCCGAUAAACCUCAAAAUAGGGUCUUACCUAGGGGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GUAUUUCUCCGCGCAGGGCACGCU- GAAG- -| G C GCCCU GG UGGG GGGGGC GGGCCU GCG G CC GCCC CCCCUG CUCGGA UGC C GGGGGAUCCAUUCUGGGAUAAAACU AAAUA U^ A C UCCGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | As a non-canonical (Group 3, Kim et al. 2016) Drosha-independent 5' capped miRNA few star reads are cloned and sequenced. Mirbase has the wrong end annoated as the mature arm (Babiarz et al. 2008). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Mmu-Mir-484_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0003127 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGGGGGGGCGGGGCCUCGCG -21
Get sequence
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| Proposed targets |
microrna.org: MIMAT0003127 TargetScanVert: mmu-miR-484 miRDB: MIMAT0003127 |
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| Mature sequence | Mmu-Mir-484_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UCAGGCUCAGUCCCCUCCCGAU -57
Get sequence
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