| MirGeneDB ID | Cfa-Mir-484 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-484 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-484 Cja-Mir-484 Dno-Mir-484 Eca-Mir-484 Hsa-Mir-484 Laf-Mir-484 Mml-Mir-484 Mmr-Mir-484-P1 Mmr-Mir-484-P2 Mmu-Mir-484 Ocu-Mir-484 Pab-Mir-484 Rno-Mir-484 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (canFam3_add) |
chr6: 28190636-28190692 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGGCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCUCCCCGCGCGGGGCGUGCUGGGAACCCCGGGGGGGGCGGGGCCUCGCGGCCCUGCAGCCUCGUCAGGCUCAGUCCCCUCCCGAUAAACCCCUAAAUAGGGACCUUCCCAGGGGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCCUCCCCGCGCGGGGCGUGCU-- AACCC -| G C GCCCU GGG CGGG GGGGGC GGGCCU GCG G CCC GCCC CCCCUG CUCGGA UGC C GGGGGACCCUUCCAGGGAUAAAUC AAAUA U^ A C UCCGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | As a non-canonical (Group 3, Kim et al. 2016) Drosha-independent 5' capped miRNA few star reads are cloned and sequenced. Mirbase has the wrong end annoated as the mature arm (Babiarz et al. 2008). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cfa-Mir-484_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CGGGGGGGGCGGGGCCUCGCG -21
Get sequence
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| Mature sequence | Cfa-Mir-484_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UCAGGCUCAGUCCCCUCCCGAU -57
Get sequence
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