| MirGeneDB ID | Laf-Mir-484 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-484 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | African bush elephant (Loxodonta africana) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-484 Cfa-Mir-484 Cja-Mir-484 Dno-Mir-484 Eca-Mir-484 Hsa-Mir-484 Mml-Mir-484 Mmr-Mir-484-P1 Mmr-Mir-484-P2 Mmu-Mir-484 Ocu-Mir-484 Pab-Mir-484 Rno-Mir-484 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_000001905.1_Loxafr3.0) |
GL010151.1: 1822007-1822063 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | CAGGCUC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UCCUCCCCGCGCGGGGUGUGCUGGGAACCCUGGGGGGGGCGGGGCCUCGCGGCCCUGCAGCCUCGUCAGGCUCAGUCCCCUCCCGAUAAAACCCUAAAUAGGGACCUUCCAUGGGGGGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UCCUCCCCGCGCGGGGUGUGCU- AACCC- -| G C GCCCU GGG UGGG GGGGGC GGGCCU GCG G CCC GCCC CCCCUG CUCGGA UGC C GGGGGUACCUUCCAGGGAUAAAU AAAAUA U^ A C UCCGA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | As a non-canonical (Group 3, Kim et al. 2016) Drosha-independent 5' capped miRNA few star reads are cloned and sequenced. Mirbase has the wrong end annoated as the mature arm (Babiarz et al. 2008). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Laf-Mir-484_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGGGGGGGGCGGGGCCUCGCG -21
Get sequence
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| Mature sequence | Laf-Mir-484_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UCAGGCUCAGUCCCCUCCCGAU -57
Get sequence
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