MirGeneDB ID | Mdo-Mir-1544-P1l | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-1544 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUUUUCU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mdo-Mir-1544-P1a Mdo-Mir-1544-P1b Mdo-Mir-1544-P1c Mdo-Mir-1544-P1d1 Mdo-Mir-1544-P1d2 Mdo-Mir-1544-P1d3 Mdo-Mir-1544-P1d4 Mdo-Mir-1544-P1d5 Mdo-Mir-1544-P1d6 Mdo-Mir-1544-P1e Mdo-Mir-1544-P1f Mdo-Mir-1544-P1g Mdo-Mir-1544-P1h1 Mdo-Mir-1544-P1h2 Mdo-Mir-1544-P1j Mdo-Mir-1544-P1k Mdo-Mir-1544-P2a Mdo-Mir-1544-P2b Mdo-Mir-1544-P2c Mdo-Mir-1544-P2d Mdo-Mir-1544-P2e Mdo-Mir-1544-P2f Mdo-Mir-1544-P2g1 Mdo-Mir-1544-P2g2 Mdo-Mir-1544-P2h Mdo-Mir-1544-P2i Mdo-Mir-1544-P2j Mdo-Mir-1544-P2k Mdo-Mir-1544-P2l Mdo-Mir-1544-P2m1 Mdo-Mir-1544-P2m2 Mdo-Mir-1544-P2n Mdo-Mir-1544-P2o | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | M. domestica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | M. domestica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (monDom5_add) |
X: 13909937-13909995 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1544-P1l) |
Mir-1544-P1k
X: 13921267-13921326 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-1544-P1j X: 13923740-13923798 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P2o X: 13926551-13926608 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P2n X: 13927965-13928023 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P2m2 X: 13930496-13930554 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P1d1 X: 13933824-13933883 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P2m1 X: 13935990-13936048 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P1h1 X: 13939064-13939123 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P2l X: 13941605-13941663 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P2j X: 13948207-13948263 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P1d2 X: 13950807-13950866 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P2i X: 13953362-13953419 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P2h X: 13958258-13958316 [-] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGACAGAUCUAACCAUUAGCACCUGACACUACACCCAGGGACAGAAUAGCAGUUCACUUGGAAGCCCCCUUUUCUAUCCCUGGGACUGGUGCUGCGCACCACCACUGCUGCUCUCACUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGACAGAUCUAACCAUU---------| UGACACUACA C U CAGUUCACU AGCACC CCCAGGGA AGAA AG \ UCGUGG GGGUCCCU UCUU UC U GUCACUCUCGUCGUCACCACCACGCG^ UCA------- A U CCCCGAAGG 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mdo-Mir-1544-P1l_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACACCCAGGGACAGAAUAGCAG -22
Get sequence
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Mature sequence | Mdo-Mir-1544-P1l_3p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- CCUUUUCUAUCCCUGGGACUGG -59
Get sequence
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