| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-1544-P1d1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-1544 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-1544c-6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-1544-P1a Mdo-Mir-1544-P1b Mdo-Mir-1544-P1c Mdo-Mir-1544-P1d2 Mdo-Mir-1544-P1d3 Mdo-Mir-1544-P1d4 Mdo-Mir-1544-P1d5 Mdo-Mir-1544-P1d6 Mdo-Mir-1544-P1e Mdo-Mir-1544-P1f Mdo-Mir-1544-P1g Mdo-Mir-1544-P1h1 Mdo-Mir-1544-P1h2 Mdo-Mir-1544-P1j Mdo-Mir-1544-P1k Mdo-Mir-1544-P1l Mdo-Mir-1544-P2a Mdo-Mir-1544-P2b Mdo-Mir-1544-P2c Mdo-Mir-1544-P2d Mdo-Mir-1544-P2e Mdo-Mir-1544-P2f Mdo-Mir-1544-P2g1 Mdo-Mir-1544-P2g2 Mdo-Mir-1544-P2h Mdo-Mir-1544-P2i Mdo-Mir-1544-P2j Mdo-Mir-1544-P2k Mdo-Mir-1544-P2l Mdo-Mir-1544-P2m1 Mdo-Mir-1544-P2m2 Mdo-Mir-1544-P2n Mdo-Mir-1544-P2o | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | M. domestica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | M. domestica | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
X: 13933824-13933883 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-1544-P1d1) |
Mir-1544-P1l
X: 13909937-13909995 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-1544-P1k X: 13921267-13921326 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P1j X: 13923740-13923798 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P2o X: 13926551-13926608 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P2n X: 13927965-13928023 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P2m2 X: 13930496-13930554 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P1d1 X: 13933824-13933883 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P2m1 X: 13935990-13936048 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P1h1 X: 13939064-13939123 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P2l X: 13941605-13941663 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P2k X: 13944162-13944220 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P2j X: 13948207-13948263 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P1d2 X: 13950807-13950866 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P2i X: 13953362-13953419 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P2h X: 13958258-13958316 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P1d6 X: 13960784-13960843 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P2g2 X: 13966015-13966073 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P1d5 X: 13968431-13968490 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P2g1 X: 13970934-13970992 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P1h2 X: 13973354-13973413 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P2f X: 13975865-13975923 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P1d4 X: 13978269-13978328 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P2e X: 13980779-13980837 [-] UCSC Ensembl Mir-1544-P1g X: 13983180-13983239 [-] UCSC Ensembl |
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| Seed | GCACCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GCUACAGAGCAAACCAUUAGCAGCUGCCCCUGCACCCAGGGAUAUAAUAGCGGUAAACUUCAAAGACCACUUUUCUAUCCCUGGUACUGGUGCCGCUGCUACCACCACCACUGCUGCCUCGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GCUACAGAGCAAACCAU--| U C UGCAC U U C UAAACU UAGCAGC GC CC CCAGGGAUA AA AG GG \ AUCGUCG CG GG GGUCCCUAU UU UC CC U CUCCGUCGUCACCACCACC^ C U UCAU- C U A AGAAAC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Mir-1544-P1d1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0028746 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGCACCCAGGGAUAUAAUAGCGG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-1544c-5p |
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| Star sequence | Mdo-Mir-1544-P1d1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0028747 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACUUUUCUAUCCCUGGUACUGG -60
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-1544c-3p |
