| MirGeneDB ID | Loc-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-455 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Spotted gar (Lepisosteus oculatus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Loc-Mir-455-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Gja-Mir-455 Lch-Mir-455 Mun-Mir-455 Pbv-Mir-455 Pma-Mir-455 Spt-Mir-455 Xtr-Mir-455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (LepOcu1) |
LG21: 4558779-4558838 [-] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-455-v3) |
Mir-455-v2
LG21: 4558779-4558838 [-]
Ensembl
Mir-455-v3 LG21: 4558779-4558838 [-] Ensembl Mir-455-v1 LG21: 4558780-4558837 [-] Ensembl |
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| Variant | Loc-Mir-455-v3 |
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| Seed | GCAGUCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGACAACUCCAUUGAUCCCUGGUGUGAGGGUAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGCUUAGUUCUUCACGGAGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGGACAACUCCAUUGAU--| C U UG G U A CGUGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCC UGGACU CAU G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C CAGAGGCACUUCUUGAUUC^ A C GU A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-455-v3_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUAUGUGCCCUUGGACUACAUC -22
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-455-v3_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- UGCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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| Variant | Loc-Mir-455-v1 |
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| Seed | AUGUGCC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
GGACAACUCCAUUGAUCCCUGGUGUGAGGGUAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGCUUAGUUCUUCACGGAGAGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 GGACAACUCCAUUGAUC- -| U UG G U A C UGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCC UGGACU CAU G G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C C AGAGGCACUUCUUGAUUC A^ C GU A U C C ACGAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Loc-Mir-455-v1_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAUGUGCCCUUGGACUACAUCG -22
Get sequence
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| Star sequence | Loc-Mir-455-v1_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- AUGCAGUCCAUGGGCAUAUACA -58
Get sequence
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| Variant | Loc-Mir-455-v2 |
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| Seed | CAGUCCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) |
UGGACAACUCCAUUGAUCCCUGGUGUGAGGGUAUGUGCCCUUGGACUACAUCGUGGAAGCCAGCACCAUGCAGUCCAUGGGCAUAUACACUUGCCUCAAGGCUUAGUUCUUCACGGAGACGet precursor sequence |
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| Structure | 10 20 30 40 50 UGGACAACUCCAUUGAU--| C U UG G U A CGUGGAA CC UGG G AG GUAUGUGCCC UGGACU CAU G GG ACU C UC CAUAUACGGG ACCUGA GUA C CAGAGGCACUUCUUGAUUC^ A C GU A U C CCACGAC . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Loc-Mir-455-v2_5p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- GUAUGUGCCCUUGGACUACAU -21
Get sequence
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| Mature sequence | Loc-Mir-455-v2_3p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GCAGUCCAUGGGCAUAUACAC -60
Get sequence
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